このページでは、100年以上に渡るこれまでのJELAの歴史をご紹介します。
１．創設期
JELAの前身である日本福音ルーテル社団は、1909年（明治42年）に民法第34条により社団法人として当時の文部大臣の認可を得て創設された法人です。創設当初は「在日本アメリカ合衆国南部福音ルーテル教会ユーナイテッド・シノッド宣教師社団」と称し、アメリカ福音ルーテル教会の宣教師を中心とする宣教師社団でした。
しかし、宣教師による宣教の伸展に伴い、邦人の幼児教育及び青年男女の高等教育に関する社会的要求並びに様々な社会的弱者の救済援護に関する社会的要求に応えるために、幼児教育施設、高等学校（旧制中学校）更には大学の設立とその維持支援に奔走し、また関東大震災を契機に老人ホーム、母子ホーム、保育所（託児 所）の設立とその維持支援に尽力してきました。
その結果、現在ルーテル系関係施設としては日本全国に、大学が２校、中・高等学校が４校、幼稚園が29園、老人ホーム８園、保育所20園、母子ホーム３園、こども養護関係施設が６施設、ライトハウス等その他福祉施設が８施設あり、その活動は合計78施設に発展しています。
２．第二次大戦下の混乱と戦後の状況
1925年の治安維持法の制定、それに基づく1939年（昭和14年）の宗教団体法の制定により、我が国における宗教情勢は大きく左右され、太平洋戦争の激化に比例して、敵性宗教と見なされたキリスト教の宣教師は帰国せざるを得なくなりました。
そして、1940年外国人全宣教師はそれぞれの母国に帰国し、1941年、当社団の名称は米国ルーテル教会宣教師社団から日本福音ルーテル社団に変更を命じられ、役員・社員共に米国人から邦人教職信徒に変更されました。当時の総資産（土地・建物）はそのまま日本福音ルーテル社団に引き継がれました。
1945年（昭和20年）の終戦により、特にキリスト教系公益法人にとって、その状況は180度転換しました。終戦の翌年1946年夏には、一部元米人宣教師が再来日してきました。戦後の米国教会による公式の日本宣教再開は、1949年の日本福音ルーテル教会総会への米国ルーテル教会外国伝道総幹事の出席により確認されました。その結果、戦災により焼失した教会堂、学校校舎及び福祉施設の再建が、当社団法人を通して米国教会より莫大な資金供与を得て行われました。
３．公益法人特別法の制定に依る活動事業の変遷
1951年（昭和26年）、公益法人特別法が制定されました。即ち、民法の中に定められた公益事業の内、学校教育事業、社会福祉事業及び宗教布教事業が、私立学校法、社会福祉事業法、宗教法人法の制定により、それぞれの特別法に基づいて独立したわけです。これによって、それまで当法人の名義によって管理されていた学校教育資産、社会福祉資産及び布教活動に属した宣教（宗教）資産とその事業は、それぞれの法人へ割譲されました。そこで、当法人は、一時的に実態としては宣教師の活動に関する資産の管理と宣教師布教事業にのみ従事する社団法人となりました。
1985年、一人の国際難民が当法人の事務所のあったルーテル市ヶ谷センターに宿泊を希望しました。しかし、市ヶ谷センターは宗教法人の運営する施設であったため、難民の保護を一宗教法人に委嘱することはできないとして、民法に基づく公益法人である当社団法人が、教会に代わって外務省よりこの難民の保護に当たることとなりました。当法人は、本来的に公益法人であり、宣教・教育・福祉の公益活動に従事することにありました故に、当社団理事会は、外務省からの国際難民の受け入れ要望を受けてこれに応えることを決断し、1990年に東京都板橋区に中古の木造アパートを購入しました。そして内部を改造して国際難民の一時宿泊設備とし外務省よりの推薦に基づいて難民申請中の国際難民を受け入れたのです。
４．現在の事業活動
1999年、事務局長が交替したのを契機に、当社団の将来あるべき姿を求めて、また我が国の公益法人制度の改変に備えて、当法人にふさわしい公益活動を 開発することに着手しました。またそれに平行して、宣教事業・教育事業・福祉事業を継続できるように、当社団の定款改正を文部科学省に申請しその認可を得ました。その結果、従来の難民救援事業に加えて、国際青年交流奨学金事業、音楽によるターミナルケア奉仕者養成事業（リラ・プレカリア）、国際困窮児救援事業、国際ボランティア派遣事業等が開発され、順次実施に移されました。また日本福音ルーテル教会との協力事業として青少年の育成、リーダー養成などのプログラムを積極的に展開しています。
その後、2008年（平成20年）12月に施行された公益法人制度改革関連３法にしたがって、一般社団法人としての申請を2012年6月29日に行い、2013年1月4日より一般社団法人としての新たなスタートを切りました。2013年4月には、日本エキュメニカル協会より、JELAの超教派的でエキュメニカル運動を促進する事業が評価され、「エキュメニカル功労団体」として顕彰されました。
2021年9月に法人格を改め「一般財団法人JELA」として新たなスタートを切りました。
2024年4月1日には内閣府より公益認定を取得し「公益財団法人JELA」となりました。